Прошло тридцать два года с той памятной битвы, когда навсегда были отброшены захватчики. Организация A.E.G.I.S оказалась на грани распада: почти исчезнувшая, она превратилась в подпольную сеть, в которой осталось лишь несколько хранителей врат, от которых зависит ещё надежда на выживание человечества. Среди них особое место занимает Аянэ Исудзу — её усталость и неприязнь к обществу не мешают ей продолжать побеждать Захватчиков и посылать вызов отцу. Внезапно на горизонте появляется слух о возрождении могущественных сил: Машинного генерала по прозвищу Сегун Кикай и графа Дьявола — Акума Хакушаку. Но на их стороне теперь идёт таинственная девушка-призрак, которая неотступно сопровождает их в путешествии. Аянэ и оставшиеся члены A.E.G.I.S вынуждены объединить силы, чтобы остановить возрождённых могущественных противников и снова спасти человечество от нового витка темноты.
