Действие разворачивается спустя некоторое время после завершения первого сезона. Пока Ёко исследует подводный мир у побережья Мадагаскара, Мадока, утратившая способность видеть глазом ауры, отправляется в Камогаву. Вернувшись домой, она находит письма от Лан и Мугинами, в которых друзья рассказывают о своей настоящей жизни и сердечно поздравляют её с наступившим Новым годом. Спустя несколько месяцев заканчивается очередной учебный год: Мадока переводится в следующий класс, и её день рождения уже близок. В это время её лучшие подруги прилетают на планету Полигидрон, чтобы увидеть копию Камогавы, расположенную в межгалактическом туристическом центре. Здесь они сталкиваются с новыми пейзажами, встречами и обещаниями будущего, ведь дружба и школьная жизнь переплетаются с дальними путешествиями между звёздами, открывая дорогу к переменам и новым мечтам.
