Год 2201-й. После победы над повелителем Зордаром и Империей Кометы корабль Ямато возвращается на Землю для ремонта и пополнения боевого состава. Сусуму Кодай и его команда обязаны почтить память погибших товарищей и набрать новых людей, которых предстоит обучать и превращать в слаженный экипаж — им предстоит пройти суровую школу перед следующими битвами. Однако передышка окажется недолгой: Ямато вновь направляется в далекий поход. Вернувшись к своим корням на Гамилусе, они обнаруживают, что планету заняли незваные захватчики. Империя Темной Туманности мечтает присоединить Гамилус и Искандар к своим владениям ради богатых минералами недр. Сусуму Кодай и давний противник Деслер оказываются вынуждены забыть старые распри и объединиться, чтобы противостоять новой угрозе и защитить дом и людей, которых они берегут.






