Аниме «Последняя фантазия VII: Последний приказ» строит повествование на двух временных плоскостях. В первой линии показывается драматический инцидент в городе Нибельхайм, где сталкиваются судьбы Зака Фэйра, Клауда Страйфа, Тифы Локхарта и загадочного Сефироты. События того дня открывают мотивы героев, их страхи и решимость противостоять надвигающимся угрозам, а также тщательно распутывают ниточки прошлого. Вторая ветка следует после событий первой и рассказывает о побеге Зака и Клауда из научной лаборатории мегакорпорации Shinra Inc., где двое молодых бойцов вынуждены скрываться, сталкиваясь с преследованием, испытаниями и крепнущей дружбой, которая формирует их дальнейшие шаги. Повествование плавно соединяет обе эпохи, подчеркивая тесную связь между выбором персонажей и судьбой всего мира.