Сатоши и его друзья отправляются в загадочную Ларусс, где перед ними открываются новые встречи и испытания. Там они знакомятся с мальчиком по имени Тоои (トオイ・ロンド), который после пережитой четыре года назад психологической травмы стал очень застенчивым и боится покемонов. В это время Деоксис, уже восстановившийся после прошлого боя, наносит удар по Хоэнну, создавая вокруг города непрерывный барьер и похищая людей — хаос и тревога охватывают окрестности. В озоновом слое Земли появляется могущественный покемон по имени Рейкваза, его цель — противостоять надвигающейся угрозе и победить Деоксиса. Группа друзей — Сатоши, Тоои и их новые союзники — оказывается втянутой в цепь событий, где каждое решение влияет на жизни людей и на судьбу целого города. По мере того как герои приближаются к истокам злодеяния, они понимают, что за силой стоит не только физическая мощь, но и внутренние раны, которые нужно исцелить, чтобы победить тьму и вернуть равновесие миру.
