История фильма разворачивается с момента, когда Такато получает дигимона по имени Гилмон. Отправляясь на каникулы в Окинаву, он берет с собой своего цифрового друга. Там они встречают ещё одного укротителя — Минами. Пока друзья наслаждаются отдыхом на побережье, в Японии стремительно распространяется вирус, превращающий известного компьютерного питомца в источник заражения, охвативший сети по всей стране. Расследуя происхождение непобедимой вспышки, Такато пытается понять, почему другие дигимоны относятся к Гилмону с подозрением и не исключено ли его участие в происходящем. По мере развития событий персонажи сталкиваются с новыми испытаниями, сомневаются в стойкости дружбы и учатся, что ответственность и доверие важнее любой тайны. На фоне красочных ландшафтов Окинавы они ищут скрытые зацепки, сталкиваются с недоразумениями между Digimon и их тренерами и постепенно понимают, что Гилмон может стать ключом к разгадке загадки, стоящей за кибер-угрозой.