В 2199 году агрессивная раса Империи Гамилуса во главе с лордом Деслером выступает на Землю с целью завоевания. Их мир пропитан радиацией, поэтому они атакуют планету радиоактивными астероидами, делая поверхность непригодной для жизни и вынуждая людей спрятаться под землёй. Но даже подземные города страдают от разрушительного воздействия радиации. В это время на Марсе терпит крушение чужой космический корабль. На борту Сусуму Кодай и Дайсуке Шима находят погибшую девушку и таинственное послание правительницы планеты Искандар. После расшифровки старшая клановая правительница Искандар предлагает землянам помощь в борьбе с космической угрозой и приглашает их на свою родную планету, уверяя, что там есть устройство, способное очистить поверхность Земли от радиации. К посланию прилагается инструкция по созданию мощного космического двигателя. Найдя на планете затонувший во Второй мировой войне корабль «Ямато», герои модифицируют его, и под командованием капитана Дзюдзо Окиты отправляются в звездное плавание к Искандару. Однако у команды есть ровно год, чтобы совершить это путешествие, иначе человечеству грозит гибель.
