Спустя четырнадцать лет после событий второго фильма Синдзи Икари внезапно просыпается в мире, который кажется ему совершенно чужим. Он не понимает, как оказался здесь, и постепенно начинают раскрываться тревожные истины, которые безжалостно придавливают его разум. По мере того как правда становится всё яснее, герой вновь оказывается на поле битвы против Ангелов. На этот путь его сопровождают неожиданные союзники, а давние друзья подвергаются сомнению и сопротивлению, что добавляет напряжения и внутри, и снаружи. Судьба снова отправляет его на передовую мирового конфликта, где каждое решение может повлиять на судьбу всего человечества. Шаг за шагом он вынужден выбирать между долгом и ценой личной жертвы, между прошлым и будущим. Что он предпримет в этот раз — найдёт ли способ спасти мир или окажется втянутым в трагические последствия, от которых нет пути назад? В любом случае выбор Синдзи поставит под сомнение доверие, верность и саму суть его миссии.
