События разворачиваются в Академия-Сити — передовом городе, расположенном к западу от Токио, где наука ориентирована на создание совершенства человека через особые способности, именуемые эсперами. Но в этом мире нашлось место и магии. Тома Камидзё, ученик Академия-Сити, обладает необычной правой рукой, которую окрестили «разрушителем воображения». Прикосновение его руки к любой магии или способности эсперов лишает её силы, исчезая даже сама удача человека. Однажды на перилах своего балкона он встречает девушку в монашеском одеянии. Это Индекс — монахиня из отделения Несессариуса, секретного магического подразделения Английской Церкви. В её памяти хранится 103000 запрещённых церковью книг. Эта встреча и та сила, которая заключена в руке Томы, втягивают его в конфликт между магами и эсперами.
