Этот сборник анимационных историй под названием Аниматрица (2003) предлагает девять самостоятельных сюжетов, кидающих новый свет на мир Матрицы: от экстренных предупреждений о нашествии до личных попыток освободиться из виртуальной реальности. В начале команда исследовательского судна Осирис обнаруживает наступление вражеских сил, и пока один из её членов пробирается в Матрицу, чтобы передать сигнал тревоги, остальные держат оборону, задерживая массивных стражевых боевых дронов. Затем две части о Втором ренессансе размышляют о попытке людей создать безупречный ум — сверхсовершенный ИИ — и о том, как разногласия между машинами и людьми перерастают в войну: климатическое оружие закрывает небо, однако роботы находят новый источник энергии — людей, превращая их в «живые батарейки» внутри Матрицы. Дальше следует история ребёнка, который, проснувшись после крайне реалистичного сна, осознаёт, что окружающий мир — плод Матрицы, а реальной является та вымышленная реальность; по его следу идут люди в одинаковой форме, пока Нео не приходит на помощь. В эпизоде о Программе героиня оказывается запертой в симуляции, стилизованной под средневековую Японию. В Мировом рекорде спортсмен переживает чрезмерные нагрузки накануне важного забега: травма и риск пробуждения в реальности, агенты пытаются его догнать через других участников, но он держится — и в итоге делает выбор двигаться вперёд, даже находясь в инвалидной коляске. В эпизоде За пределами девушка ищет пропавшую кошку и наталкивается на странный дом, где ломается гравитация и происходят искажённые явления; Матрица замечает «ошибку рендера» и отправляет отряд. В Детективной истории частный сыщик Эш следит за опасной загадкой хакера Тринити, и поезд становится местом схватки агентов в чёрном; развязка обрывается на выборе героя идти вместе с ней. Наконец, в Матрикулейтед действие перенесено во далёкое будущее, где идёт война людей и машин, а робот-«раннер», подключённый к Матрице, становится ключевой фигурой в новой эре сосуществования человека и кода.