Сюжет начинается сразу после событий Лабиринта Грисайи и переносит нас в мир, где судьбу Юджи Казами обвиняют в связях с международной террористической сетью под предводительством Хита Осло. Их организация сумела пересечь границы Японии, применив разрушительное оружие массового поражения, что заставляет державы и спецслужбы держать ситуацию под контролем и изучать каждый шаг подозреваемых. В Михаме Академии наступает финансовый кризис: школа балансирует на грани закрытия, а ученицам даётся всего месяц, чтобы выбрать — сдаться или продолжать бороться за то, что для них имеет особое значение. Давление растёт, и тест на дружбу, верность и смелость становится непростым испытанием. Группа студенток вынуждена столкнуться с могущественными государствами и теневыми интересами, которые держат рычаги власти в своих руках. Смогут ли они объединиться, выстоять перед лицом опасностей и победить ради того, что им дорого, или судьба отнесёт их к краю пропасти?
