В 2006 году в сети Белого дома всплывают следы несанкционированного доступа к секретным президентским архивам. Федеральный агент Леон С. Кеннеди попадает в число приглашённых на расследование, но в самый разгар его задачи в помещении гаснет свет, и он вместе с отрядом спецназа вынужден противостоять орде неясных зомби, что внезапно заполняют коридоры. Параллельно сотрудница компании ТерраСэйв по имени Клэр Редфилд наталкивается на загадочное изображение, созданное молодым человеком в стране, куда она отправлялась, чтобы помочь беженцам. Судя по деталям рисунка, на нём запечатлена жертва вирусной инфекции, что подталкивает её к собственному расследованию. По мере развития повествования становится очевидным, что эти два эпизода тесно переплетены и приведут к событиям, способным потрясти человечество. Так начинается история аниме «Обитель зла: Бесконечная тьма», где судьбы Леона и Клэр сходятся в мрачной паутине заговора и биологической угрозы.
