Злой Мегатрон вывел на Землю армию Десилицинов с целью ограбить планету и добыть её колоссальные энергетические ресурсы, чтобы подпитать войну против автоботов. Если им удастся, Десилицины смогут переломить ход сражения в свою пользу, уничтожить автоботов и начать грандиозное завоевание Вселенной. Чтобы добиться своей цели, они похищают учёного — доктора Юки Ониши, ведущего специалиста Земли в области энергетики и природных ресурсов. Ему помогает сын — Кодзи. Именно Оптимус Прайм выходит на связь с ним и забирает мальчика в миссию по спасению отца. Несмотря на стойкие сражения Оптимуса Прайма и остальных автоботов, они не в силах вырвать доктора из лап Десилицинов. Теперь на автоботов и Кодзи ложится миссия по спасению Ониши и защите Земли и её ресурсов от Мегатрона и его армии.
