Спустя три года после того, как избранные спасли цифровой мир от зла, прошлое осталось лишь воспоминанием, а сами дети подросли и стали частью нового времени. Однако покой был недолгим: на горизонте вновь появляется угроза, и на сцену выходит могущественный враг — Император Дигимонов. Он не просто подавляетDigimon своих собратьев, он использует их ради мрачных целей, ставя под угрозу баланс всего цифрового мира. Для борьбы с ним отбирают трёх новых героев — Дайсукэ Мотомия, Иори Хида и Мияко Иноуэ. Каждый из них получает свой дигивайс и собственного дигимона-помощника, которые станут ключами к новым способностям и самореализации. Они отправляются в новое приключение, сталкиваясь с загадками, неожиданными союзниками и опасностями на каждом шагу. Впереди их ждут незнакомые локации и испытания, но вместе они готовы противостоять Императору и вернуть мир к гармонии.
