Это прямое продолжение истории из фильма Аркадия моей юности и переносит зрителя в эпоху, когда борьба за немыслимые силы становится личной для каждого героя. Враждебная Империя Иллюмидус безжалостно порабощает и разрушает всё на своём пути, завоевывая обитаемые миры одной гигантской волной наступления. В итоге конфликт достигает кульминации: Земля оказывается под контролем пришельцев, а Харлок и его верные соратники объявлены врагами человечества и изгнаны из родного дома. Иллюмидус не намерен останавливаться; он продолжает расширять своё владение, подталкивая остатки сопротивления к отчаянной борьбе. Харлок, Тотиро и Эмеральда — известные под кодами S-00999, S-00998 и X-00001 — разыскиваются повсеместно, на их головах уже назначены награды. Пытаясь сдержать нападение не только Иллюмидуса, но и всепоглощающих охотников за головами, троица остаётся единственной надеждой Земли, продолжая путь через неизведанные пределы космоса ради выживания планеты и свободы человечества.
