Во время ожесточённой войны между натуралами (OMNI) и координаторами (ZAFT) на орбитальной колонии Гелиополис разворачивается миссия по добыче нового мобильного доспеха, созданного Земным альянсом. Кир Ямато, молодой техник и студент Гелиополиса, попадает в вихрь событий: ZAFT силой забирает четыре из пяти доступных доспехов, а оставшийся — «Страйк» — оказывается в руках Киры, и ему приходится пилотировать его ради собственной жизни и благополучия друзей. По мере эскалации конфликта Кир встречает своего детского друга Асурана Залу, который по стечению обстоятельств служит ZAFT и участвовал в налёте на Гелиополис. Управляя «Страйком», Кир присоединяется к Земному альянсу и отправляется на борт могучего корабля «Архангел» в надежде защитить близких. Однако внутри него растёт тяжёлое осознание: ему предстоит сражаться против давнего друга и против тех, кто некогда был рядом и спутником.
