Прошло уже два года с момента окончания войны между EAF и Координаторами. Мир держится на шатком балансе перемирия, и ни одна из сторон не может им полностью доверять. Чтобы сорвать этот хрупкий порядок, группа Координаторов запускает к Земле колонию Юниус 7, надеясь, что её падение почти полностью истребит население планеты. ZAFT удаётся взорвать колонию, но её обломки разлетаются по поверхности и наносят колоссальный ущерб, вновь разжигая войну. Главные герои вынуждены снова взять оружие и встать на защиту мира, которым они дорожат. Эти события заставляют персонажей переосмыслить свои цели, проверить преданность друзьям и идеалам, и вынуждают действовать быстрее, чем когда-либо, чтобы предотвратить катастрофу, угрожающую всему человечеству.
