В 2119 году космический корабль с кодовым именем «Зеленые рукава» обнаруживает три планеты, подвергшихся нападению загадочной силой X23, самой опасной движущейся массой, приближающейся к Земле. Правительство требует немедленной атаки на X23, но доктор Сугита, командир корабля и лидер «Зеленых рукавов», отказывается действовать вразрез с его убеждениями: он верит, что люди и сущности X23 могут сосуществовать. Связь с флотом неожиданно обрывается, оставляя по себе только тягостное ощущение недосказанности и тревоги. Два года спустя к Сусу Сугите, сыну доктора, приходят таинственные визитёры и похищают его, отвозя к доктору Мии — одному из немногих сторонников мирного подхода Сугиты, тогда как большинство обвиняет отца в измене. Мия убеждает Сусуму присоединиться к отряду «Белого Пегаса» — элитной группе медицинских специалистов. Их метод микроразмерности позволяет уменьшить человека до микроскопических масштабов, чтобы лечить его изнутри организма, открывая новые пути в медицине и спасению жизни. С.X23 вновь появляется в поле зрения, и сущности под названием Оттенки — пришельцы из X23 — выбирают близкого друга Сусуму как первую мишень. Однако Сусуму и члены Белого Пегаса успешно подавляют вторжение внутри его тела. В ходе борьбы он обнаруживает странное: сигналы, исходящие из чипов внутри Оттенков, на самом деле являются музыкой, созданной им самим вместе с матерью в подарок доктору Сугите.
