В центре событий — Майя Кумаширо, дочь прежнего директора Академии Валдштейн, и загадочный путешественник во времени Фумиаки Учиды. В мире, пропитанном тайнами и сверхъестественными силами, в 2012 году Земля оказывается под контролем пришельцев, и несколько временных агентов отправляются обратно в прошлое — в 1999 год — чтобы найти и уничтожить артефакт, известный как Ключ Нострадамуса, способный, по пророчествам Нострадамуса, принести апокалипсис в наш мир. Действие разворачивается именно в 1999 году: Майя возвращается в стены Академии, намереваясь свергнуть руководство, заняв освободившееся место директора. Но её планы меняются после знакомства с Фумиаки и осознания надвигающейся угрозы. Хотя она не до конца верит в пророчества, они объединяют усилия и начинают поиск Ключа Нострадамуса. Вместе они сталкиваются с тайнами академии, древними силами и опасностями, которые стоят на пути к предотвращению кризиса и изменению судьбы мира.
