Химавари Хината переводится в Академию Шиноби с целью стать лучшей из ниндзя, какими только может быть она сама. В детстве её спас таинственный ниндзя во время падения самолёта, и с тех пор она мечтает подражать ему и быть не хуже того героя. На пороге новой жизни в школе она встречает Хаято Маденокодзи — недавно переведённого учителя, который по слухам не обладает ниндзя-умениями, но принял должность ради достойной зарплаты. Ему досталась роль наставника, чтобы он мог расплатиться с давним долгом, и именно из-за этого он согласился на такой пост. Однако Хината замечает нечто странное: на шее Хаято красуется та же самая татуировка, что носил тот таинственный ниндзя, спасший её в детстве. Это открытие подталкивает к расследованию прошлого нового учителя и заставляет пересмотреть фигуру героя из детства, а также подтолкнуть её к размышлениям о том, какие тайны скрывает Академия и чьи цели стоят за новой дружбой и учительством.
