После запуска Фрактал человечество вошло в эпоху казавшегося рая: жизнь стала легкой и бесконечно спокойной, а вся рутинная работа доверена аватарам, чтобы люди могли заниматься чем угодно по своей душе. Спустя тысячу лет система всё ещё функционирует, но никого не осталось, кто бы реально понимал её принципы работы; за обслуживание теперь отвечают служители Храма, напоминающие культ, и подавляющее большинство людей искренне верит, что сохранение Фрактала — единственная гарантия счастья и безмятежности. Главный герой, молодой парень по имени Клейн [クレイン・ネクラン], живет простой, беззаботной жизнью, пока не помогает беглянке Фрине [フリュネ] спрятаться от таинственных преследователей. Вскоре Фрина исчезает, оставив Клейну загадочный кулон. Разгадав скрытые в нём данные и активировав устройство, он превращается в девочку‑аватара по имени Несса [ネッサ]. Так начинается их совместное путешествие: Клейн и Несса отправляются на поиски Фрины, сталкиваются с членами загадочной группировки «Потерянное тысячелетие» и постепенно узнают правду о Фрактале и его роли в этом мире.
