Город Токио, 2039 год, наступивший через десять лет после того страшного вируса, который позже окрестили Апокалипсисом, оказался под управлением международной GHQ — могущественной структуры, которая проводит генетические эксперименты и держит население под контролем. Главный герой — обычный школьник по имени Сю Ома, ещё не вполне уверенный в себе и часто скучающий по настоящим дружеским отношениям, мечтающий завести друзей и перестать ощущать себя неудачником. Его мир переворачивается после встречи с Инори — участницей подпольной группы сопротивления, известной как Гробовщики, члены которой управляют боевыми меха-установками, чтобы противостоять произволу правителей. По стечению обстоятельств он оказывается носителем одного из трёх «геномов пустоты», что дарует ему необычную силу — способность вытягивать оружие и предметы из людей. Эта сила может стать ключом к переменам в мире и изменить жизнь самого Сю Омы и окружающих его людей.
