Прошли века с тех пор, как загадочная раса Гаун уничтожила Солнечную систему. Эти гигантские твари почти неуязвимы и лишены разумной цели, действуют как разрушительная стихия, оставляя за собой лишь пустоту и страх. Выжившее человечество нашло убежище на краю галактики, в огромных космических кораблях, названных Сидония, которые позволили сохранить род человеческий и продолжить борьбу за своё существование. В этом безрадостном странствии люди научились воздвигать пилотируемые доспехи, движимые металлом и огнем, чтобы противостоять преследованию чужих сил и дать шанс на выживание. Нагатэ Таникадзэ прожил почти всю жизнь в уединении на одном из Сидонийских кораблей. Но после того как его способности заметили и оценили мастера боевых систем, он начал обучение пилотированию и вошёл в ряды пилотов, ведущих тяжёлую и опасную войну против Гаун, ради спасения всего человечества.
