В далёком будущем высокие технологии окутывают повседневную жизнь, а даже карточные дуэли превращаются в сложные технологические поединки. Главный герой — Юма Цукумо — мечтает стать чемпионом мира Duel Monsters, однако пока он ещё новичок, лишённый чёткой тактики и выверенной стратегии. Чтобы проверить собственные силы, он бесстрашно вызывается на поединок к местному чемпиону Рёге Камисиро, и именно в этот момент к нему приходит загадочный призрак без памяти — Астрал. Этот таинственный дух объясняет, что его прошлое рассыпано по девяносто девяти «Номеров» — картам с особыми силами, каждая из которых хранит часть утраченной памяти. Теперь путь Юмы обретает новый смысл: не только подняться по ступеням рейтинга и стать чемпионом, но и помочь призраку вернуть утраченную идентичность. В ходе их совместного путешествия герой сталкивается с всё более хитрыми противниками и незнакомыми техниками дуэлей, учится строить сильную колоду и подбирать стратегии под каждый бой. По мере раскрытия тайн Номеров Юма узнаёт, что от его выбора может зависеть не только собственное будущее, но и судьба загадочного Астрала и целой вселенной дуэлей.
