Это история о Нанохе Такамачи, девятилетней ученице начальной школы, чья спокойная повседневная жизнь кардинально меняется после того, как она спасает раненого говорящего горностая, оказавшегося магом по имени Юно Скрая. Юно, археолог из другой вселенной, прибыл на Землю с задачей собрать двадцать одно «Драгоценное Семя» (Jewel Seeds) — древние и опасные артефакты, впервые обнаруженные им ещё в его мире. Эти Семена даруют живым существам, соприкасающимся с ними, сверхъестественные способности и нередко превращают их в монстров. После ранения в битве с одним из таких существ Юно оказывается вынужден опираться на Наноху, пока восстанавливает силы в форме горностая. В благодарность он вручает ей таинственное устройство — волшебную палочку под названием Raising Heart («Восходящее Сердце»), и к удивлению обоих Наноха обнаруживает у себя неожиданный блестящий магический талант. Так начинается их дуэт: вместе они дают отпор монстрам и собирают Драгоценные Семена, но за этими артефактами охотятся не только они вдвоём.
