Долгая и изматывающая битва между человечеством и разумными машинами, которые называют себя механоидами, подошла к своему решающему этапу. По мере того как сила механоидов росла во Вселенной, Земля оказалась на пороге полного подчинения, и обе стороны вынуждены были принять перемирие, хотя и неохотно. Зеро, бывший адмирал флота в Великих Галактических войнах, ныне служит капитаном буксирного судна и остаётся верным защитником Земли, несмотря на потерю всей своей семьи в ходе конфликта. Во время одного вылазки его корабль подвергается атаке таинственного пиратского флота, прозванного «Тенью смерти», и бой заканчивается для Зеро поражением. Позже командование поручает ему новую миссию: выйти на след легендарного пирата — капитана Харлока, чье имя вселенной вселяет страх. Теперь под флагом Независимого Флота он отправляется в далёкое путешествие вместе с бывшим боевым линкором «Кария» и командой, в которую входят как механоиды, так и люди. Ему предстоит объехать всю галактику, чтобы найти зацепку к Харлоку и вернуть баланс в космос.