Действие разворачивается в постапокалиптическом будущем, спустя вторжение инопланетян, которое практически уничтожило большую часть населения планеты. Выжившие укрываются в тщательно охраняемых убежищах, где их повседневная жизнь подчинена жесткому контролю, а память о катастрофе целенаправленно стирается ради поддержания порядка. В одном таком комплексе живут трое подростков, отобранных для пилотирования трёх самостоятельных роботизированных модулей. Когда машины объединяются, они формируют гигантского боевого робота по имени Мусаси, созданного из редкого сплава мегатронии. Но задание выходит за рамки простого управления механизмами: каждый пилот столкнется с невообразимой угрозой, которая может перевернуть их представления о мире и о самом будущем человечества. Юные пилоты вынуждены балансировать между долгом перед обществом, дружбой и своим личным прошлым, которое всё ещё держится под запретом. По мере разворачивания событий становится ясно, что истинная борьба не только с внешними врагами, но и с теми тайнами, которые углубляются в сами корни их убежища.