Аниматрица — это сборник из девяти анимационных историй, вышедших в 2003 году и расширяющих вселенную Матрицы: каждая лента фокусируется на другой ракурсе противостояния людей и машинистов, сочетая фантазию, триллер и философские мотивы. В одной из них команда исследовательского корабля Осирис обнаруживает наступление врага, и пока один её участник проникает в Матрицу, чтобы предупредить мир, другие игроки стараются удержать давление роботов-охранников и дать ему шанс выжить. В другом блоке рассказывается о попытке людей создать идеального искусственного интеллекта и о том, как разногласия между людьми и машинами перерастают в масштабную войну, после чего роботы впервые объявляют себя государством; люди проигрывают, попав в ловушку как живые аккумуляторы внутри Матрицы. Юный герой просыпается после яркого сна и осознаёт, что окружающий мир — тень Матрицы, а реальность скрывается в его сновидении, в то время как за ним начинается погоня в одинаковых костюмах под надзором агентов. Ещё одна история переносит зрителя в средневековую Японию, где принятая программа воплощена в виде симуляции, созданной вокруг главной героини по имени Сис. В ленте о мировом рекорде спортсмен практически разрывается на части между физическими пределами и мучительной мыслью о попадании в реальный мир, пока агенты, вселившиеся в соперников, не догоняют его; герой всё же достигает финиша, но ценой утраты части двигательных функций и нового намерения стать свободным. Девушка, ищущая пропавшую кошку, попадает в дом с нарушенной гравитацией и странными явлениями, а Матрица замечает «ошибку рендера» и посылает клик-отряд для устранения проблемы. В детективном сюжете Эш, частный сыщик в духе нуар, преследует загадочного хакера Тринити и вступает в опасную игру с агентами, рискуя потерять собственную человечность, пока Тринити не делает смелый шаг, оставив его в прошлом и исчезнув. В финальной истории робот-рunner оказывается подключённым к Матрице и становится участником войны между людьми и машинами, открывая новый взгляд на саму природу реальности.