После того как земляне одержали победу над теми, кто угрожал их миру, капитан Харлок оставил свою команду и пустился в бескрайний космос в одиночку. Но идиллия оказалась недолгой: над планетами навис новый могучий враг, который не под силу победить в одиночку. Во время одной из археологических экспедиций профессор Дайба непреднамеренно пробуждает древнюю зловещую силу — расу, именуемую «ну», чье правление строилось на страхе и существовало задолго до появления человечества. Спустя пять лет это зло вновь возвращается, набирает силу и, стремясь превратить мир в хаос, начинает воплощать свой коварный план в реальность. Харлок вновь собирает свою команду: верных товарищей Кэй Юки, доктора Зеро и первого помощника Яттарана, а к ним присоединяется сын учёного Тадаси Дайба, ставший членом «Аркадии». Вместе они отправляются в опасное противостояние с загадочным врагом, чтобы ещё раз защитить Землю от надвигающейся угрозы.
