Аниме «Детектив Конан: На перекрёстках древней столицы», выпущенное в 2003 году, пускает зрителя в историю, где под покровом ночи таинственный маскированный воин расправляется с пятерыми мужчинами в разных уголках Японии — в Токио, Осаке и Киото. Расследование вскрывает, что все погибшие были членами банды «Гэндзиботару» — воровской группировки, промышляющей похищениями буддийских статуй и артефактов, причём участники нарекают себя именами слуг Минамото-но Ёсицунэ. Отсутствие явного мотива и надёжных зацепок за остальных фигурантов ведут следствие в тупик, пока храм Киото не обращается за помощью к знаменитому Когоро Мори. Получив анонимное письмо с загадочной головоломкой, монахи просят его разгадать её, чтобы вернуть давно утраченную статую. Параллельно Конан Эдогава и юный детектив Хаттори Хэйджи объединяют усилия, чтобы распутать загадку и найти убийцу, пока Хаттори ищет свою возлюбленную детства. Благодаря знанию улиц Киото Хаттори и Конан прочёсывают город и приближаются к истине, однако преступник наносит новый удар — расправляется ещё с одним членом «Гэндзиботару» и, после нескольких неудачных покушений на Хаттори, похищает его любимую. Только совместив силы и раскрыв скрытые улики, Конан и Хаттори сумеют положить конец кровавому пути мстителя и вернуть Хаттори счастье.
