Освободившись от обязанностей в рамках 501-го секретного подразделения, Мотоко Кусанаги оказывается под новыми распоряжениями Дайсука Арамакi. Неожиданный взлом искусственного интеллекта Логикомы становится толчком к созданию оперативной группы: Бато начинает собирать команду, чтобы не дать угрозе выйти из-под контроля. Он привлекает на помощь бывшего армейского разведчика Исикаву и специалиста по взрывчатке Бому, чьи навыки и опыт должны обеспечить точность и надёжность будущих действий. Кусанаги сама стремится вовлечь в расследование снайпера Сайто и таинственного агента Падзу, чьи знания и секретные источники способны изменить правила игры. Девятый отдел разворачивает очередную операцию, исследуя цепочку странностей вокруг логических систем и пытаясь предотвратить серию надвигающихся кризисов. По мере разворачивания плана герои сталкиваются с усложняющими обстоятельствами, сомнениями и конфликтами, требующими безупречной координации, хладнокровия и взаимного доверия, чтобы выдержать давление новой миссии и защитить город от скрытых угроз.
