Исчезновение Харухи Судзумии

К середине декабря лидер бригады SOS Харухи Судзумии сообщает, что их рождественский вечер они устроят в комнате клуба за праздничным ужином, и вся команда начинает активную подготовку. Вскоре после этого в обычном пути в школу Кён начинает замечать странности: разговор с Танигути не сходится с контекстом, тот неожиданно заболел и не помнит вчерашний разговор. В классе Харухи нет, а на её месте сидит Рёко Асакура, которая ожила и спокойно общается с Кёном, как будто ничего не случилось. Микуру Асахина не узнаёт Кёна, и Нагато Юки предстает перед ним как обычная девушка и единственный участник литературного кружка. Похоже, ни бригада SOS, ни Харухи в этой школе больше не существуют. Мир вокруг начинает словно разваливаться: детали прошлого меняются на глазах, а привычные люди и события теряют смысл. Кйон пытается понять, где же реальность и почему исчезли те, кто должен был быть главными героями их жизни.