Долгая и изнурительная война между человечеством и разумной машинной расой, называемой механоидом, наконец-то подошла к концу. Когда власть механоидов распространилась по галактике, Земля едва удерживала контроль, и стороны согласились на перемирие, пусть и неохотно. Зеро, адмирал флота Великой галактики, нынче командует буксирным кораблём и, потеряв за войну всю семью, продолжает стойко защищать Землю. Во время одного задания его судно поддаётся нападению загадочного пиратского флота, прозванного «Тенью смерти», и Зеро вступает в бой, который, увы, кончается поражением. Позже командование возлагает на него миссию: остановить и захватить легендарного пирата — капитана Харлока, чьё имя вселенной охвачено страхом; выясняется, что именно он был нападавшим. Теперь под знаменем Независимого Флота, вместе с бывшим военным линкором «Кария» и командой, состоящей из механоидов и людей, Зеро ищет следы загадочного капитана, путешествуя по всей Вселенной, чтобы выйти на Харлока.
