За двадцать лет до начала истории к Земле приближается Танатос — гигантский астероид, который, подбираясь к планете, сталкивается с Плутоном и разрушает его. Хотя событие прерывает траекторию угрозы, опасность остаётся. Чтобы предотвратить катастрофу, международная организация по изучению Солнечной системы, МАИСС, запускает секретный проект под кодовым названием «D» и, найдя на дне океана загадочное яйцо дракона, создаёт мощное оружие — Драгонавт. Основная задача машины — остановить Танатоса и обезвредить его, прежде чем Земля будет разрушена. Однако пилоты и учёные вскоре понимают, что угроз не ограничивается одной силой — на поверхность планеты прибывают незнакомые существа с непонятными мотивациями. В эти непростые времена молодой Дзин Камисина становится очевидцем убийства, совершённого одним из существ. Он оказывается на краю гибели, но его спасает таинственная девушка по имени Тоа, явившаяся в нужный момент.
